KERAGAMAN GENETIK IKAN GLODOK (Periophthalmus sp.) DI SUNGAI PADANG KABUPATEN BATU BARA MENGGUNAKAN GEN CO1
Abstract
Glodok memiliki ciri fisik mata menonjol mirip hewan kodok. Gen mitokondria pendekatan molekuler yang digunakan secara luas untuk identifikasi spesies. Tujuan penelitian untuk mendapatkan sekuen gen, keragaman genetik, dan hubungan kekerabatan genus Periophthalmus menggunakan fragmen gen sitokrom oksidase sub unit 1. Metode yang digunakan isolasi DNA dengan kit favorPrep Tissue Genomic DNA Extraction Mini Kit, lokus gen CO1 pada genom jaringan Periophthalmus di amplifikasi dengan teknik PCR menggunakan primer FISH-BCH dan FISH-BCL. Hasil penelitian ketiga sampel Periophthalmus menghasilkan sekuens sepanjang 541 bp dengan analisis aplikasi mega 11. Periophthalmus ditemukan tiga spesies yaitu Periophthalmus minutus, Periophthalmus chrysospilus, Periophthalmus magnupinnatus di Sungai Padang Kabupaten Batu Bara. Tingkat keragaman genetik melakukan perhitungan pairwise dintance. Sampel yang memiliki hubungan kekerabatan terdekat Periophthalmus minutus dengan Periophthalmus magnupinnatus dilihat dari pohon filogenetik metode Neighbor-Joining dan perhitungan model Kimura-2-Parameter. Dapat disimpulkan bahwa barcode DNA menggunakan CO1 dapat digunakan sebagai metode dalam mengidentifikasi Periophthalmus secara molekuler efisien menentukan hubungan kekerabatannya dengan spesies lain.
Keywords
Full Text:
PDF (Bahasa Indonesia)Article Metrics :
References
Arisuryanti, T., Hasan, R. L., & Koentjana, J. P. (2018, August). Genetic identification of two mudskipper species (Pisces: Gobiidae) from Bogowonto Lagoon (Yogyakarta, Indonesia) using COI mitochondrial gene as a DNA barcoding marker. In AIP Conference Proceedings (Vol. 2002, No. 1, p. 020068). AIP Publishing LLC.
Mustikasari, D., & Agustiani, R. D. (2021). DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah, Pulau Bangka. Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12(1), 86-95.
Muhtadi, A., fi Ramadhani, S., & YUNASFI, Y. (2016). Identifikasi dan Tipe Habitat Ikan Gelodok (Famili: Gobiidae) di Pantai Bali Kabupaten Batu Bara Provinsi Sumatera Utara. Biospecies, 9(2).
Pramunandar, N., Tamti, H., & Wulandari, S. (2023). Kelimpahan ikan glodok (Boleophthalmus boddarti Pallas 1770) pada ekosistem mangrove di ekowisata Lantebung Kota Makassar. Agrokompleks, 23(1), 62-91.
Putri, N. P., Munasik, M., Yuneni, R. R., Alghozali, F. A., & Mahardini, A. (2022). Mitochondrial COI Haplotype Diversity of Rhynchobatus australiae Collected from Ketapang Fish Port, Bangka Belitung Islands. Indonesian Journal of Marine Sciences/Ilmu Kelautan, 27(2).
Dewi, M. F. S., Rusdi, B., & Arumsari, A. (2022, August). Studi Literatur Identifikasi Kandungan Babi dengan Metode Molekuler dan Metode Immunoassay. In Bandung Conference Series: Pharmacy (Vol. 2, No. 2, pp. 1019-1026).
Abidin, N., Mogea, R., & Binur, R. (2021). Filogenetik Bulu Babi Tripneustes gratilla menggunakan Gen Sitokrom Oksidase Subunit.
Saleky, D., Sianturi, R., Dailami, M., & Kusuma, A. B. (2021). Kajian Molekuler Ikan Oreochromis spp. dari Perairan Daratan Merauke-Papua, Berdasarkan DNA Mitokondria Fragmen Gen Sitokrom Oksidase Subunit I. Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada, 23(1), 37-43.
Dailami, M., Santi, D., Abubakar, H., & Toha, A. H. (2018). Analisis genetik fragmen gen sitrokrom oksidase sub unit 1 dari Cirrhilabrus cf. ryukyuensis Ishikawa 1904 (Labridae) asal Teluk Cenderawasih dan Raja Ampat.
Umami, M. (2022). Karakteristik Morfologi Ikan Gelodok (Periophthalmus chrysospilos) Di Area Hutan Mangrove Mundu, Kabupaten Cirebon. Jurnal Biologi dan Pembelajarannya (JB&P), 9(1), 48-54.
Hidayat, S. (2020). Kajian Ikan Gelodok di Indonesia Bermuatan Unity of Science. Alinea Media Dipantara.
Subari, A., Razak, A., & Sumarmin, R. (2021). Phylogenetic analysis of Rasbora spp. based on the mitochondrial DNA COI gene in Harapan Forest. Jurnal Biologi Tropis, 21(1), 89-94.
Abdullah, A., Nurilmala, M., & Sitaresmi, K. P. (2019). DNA mini-barcodes sebagai penanda molekuler untuk ketertelusuran label pangan berbagai produk ikan layur. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia, 22(1), 33-40.
Aisyah, S., & Farhaby, A. M. (2021). Identifikasi Molekuler Dan Status Konservasi Ikan Pari Hiu (Rhinidae) Yang Didaratkan Di Pulau Bangka. JFMR (Journal of Fisheries and Marine Research), 5(1), 61-69.
Elviana, S., & Sunarni, S. (2018). Komposisi dan Kelimpahan Jenis Ikan Gelodok Kaitannya dengan Kandungan Bahan Organik di Perairan Estuari Kabupaten Merauke. Agrikan: Jurnal Agribisnis Perikanan, 11(2), 38-43.
Fietri, W. A., Rasak, A., & Ahda, Y. (2021). Analisis Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus Spp) Di Perairan Maluku Utara Menggunakan Coi (Cytocrome Oxydase I). BIOMA: JURNAL BIOLOGI MAKASSAR, 6(2), 31-39.
Hartatik, T. (2021). Analisis Genetika Molekuler Sapi Madura. UGM PRESS.
Hikam, A. M., Mubarakati, N. J., Dailami, M., & Toha, A. H. (2021). DNA barcoding pada invertebrata laut.
Irawan, D., Warsidah, W., Nurdiansyah, S. I., Safitri, I., & Kushadiwijayanto, A. A. (2020). Identifikasi, Kelimpahan dan Tipe Karakteristik Habitat Ikan Tembakul Desa Pasir Kabupaten Mempawah Kalimantan Barat. Barakuda 45: Jurnal Ilmu Perikanan dan Kelautan, 2(2), 43-49.
Ismaun, I., & Hikmah, N. (2021). Deteksi Molekuler Bakteri Escherichia Coli Sebagai Penyebab Penyakit Diare dengan Menggunakan Tehnik PCR. Bioma: Jurnal Biologi Makassar, 6(2), 1-9.
Juniar, A. E., Rosyada, S., & Rahayu, D. A. (2020). Kebiasaan makan ikan gelodok (Famili: Gobiidae) lokal Jawa Timur. Jurnal Biologi Udayana.
Yuwono, Triwibowo. 2002.Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga
Zein, M. S. A., & Prawiradilaga, D. M. (2013). DNA barcode fauna Indonesia. Prenada Media.
Zuhdi, M. F., & Madduppa, H. (2020). Identifikasi Caesio cuning berdasarkan Karakterisasi Morfometrik dan DNA Barcoding yang didaratkan di Pasar Ikan Muara Baru, Jakarta. Jurnal Kelautan Tropis, 23(2), 199-206.
Yanuhar, U., & Caesar, N. R. (2021). Teknologi Rekombinan Vaksin untuk Ikan. Universitas Brawijaya Press.
Yaqin, K. (2019). Petunjuk Praktis Aplikasi Biomarker Sederhana. Upt Unhas Press.